15 Temmuz'daki darbe girişimine ilişkin yürütülen soruşturmada sonrasında 267 sanık hakkında hazırlanıp 2'nci Ağır Ceza Mahkemesi'ne sunulan 1300 sayfadan oluşan iddianamede, örgütün çalışma sistemi deşifre edildi. Hazırlanan iddianamede Türkiye genelinde 7 bölgede illegal yapılanma oluşturulmuş olup Güneydoğu bölgesinin merkez ilinin Gaziantep olduğu ifade edildi.
İddianamenin bir numaralı sanığı Fethullah Gülen ile Ege Ordusu Kurmay Başkanı Tümgeneral Memduh Hakbilen ve Çiğli Ana Jet Üssü'nün imamı Astsubay Zekeriya Kuzu'nun da aralarında bulunduğu sanıklar hakkında 2'şer kez ağırlaştırılmış müebbetin yanı sıra 15 yıla kadar da hapis cezası istendi.
Örgüt liderinin 'Kainat İmamı' olarak bilinen Fettullah Gülen olduğu ifade edilen idianamade örgütün yönetim şekli, şöyle anlatıldı:
'Örgüt liderinin altında 32 kişiden oluşan mollalar, İstişare Kurulu, Tayin Heyeti ve Özel Kalem olmak üzere 4 bölüm bulunmakta. İstişare kurulunun altında ise 5 kat olarak bilinen meclis, buna bağlı olan dünya coğrafyasındaki 6 kıtanın imamlığı mevcuttur. Kıtalarda bulunan ülke imamları kıta imamına bağlı olmalarına rağmen ülkemizin bulunduğu Türkiye imamının örgüt yapılanması içerisinde kıta imamı statüsünde bulunmakta. FETÖ/PDY Türkiye yapılanması, legal yapılanma, illegal yapılanma ve illegal özel yapılanmalar olmak üzere 3 ayrı koldan oluşmakta. Devlet içerisinde faaliyet gösteren tüm kurumların birebir aynısının, FETÖ/PDY örgütünün içerisinde mevcuttur. Marmara Bölgesi, Ege Bölgesi, Akdeniz Bölgesi, İç Anadolu Bölgesi, Karadeniz Bölgesi,Doğu Anadolu Bölgesi ve Güneydoğu Anadolu Bölgesi olmak üzere ülkemiz genelinde 7 bölgeden illegal yapılanma bölgelerinin oluşturulmuştur. Yedi bölgenin merkez illerinin ise sırasıyla, Marmara Bölgesi'nin kerkez ilinin İstanbul, Ege Bölgesi'nin İzmir, Akdeniz Bölgesi'nin Antalya (ancak Bala ilçesinden dolayı Isparta iline çok önem verilir), İç Anadolu Bölgesinin Ankara, Karadeniz Bölgesi'nin Trabzon, Doğu Anadolu Bölgesi'nin Erzurum ve Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nin Gaziantep olduğu, Marmara bölgesinin coğrafi sınırlar içerisinde bulunan Balıkesir ile haricinde, ülkemiz 7 Coğrafi bölgesinde bulunan illerin, coğrafi bölge imamlarına tabi olduduğu belirtilmiştir. Türkiye imamına ise yukarıda zikredilen 7 coğrafi bölgenin imamlarının tabi oldukları, bölgelerin altında eğitim danışmanı, okullar sorumlusu olmak üzere bölümlerin olduğu, ülkemiz genelinde büyük illerin eyaletlerden oluştuğu, il içerisinde il imamının bulunmadığı, Eyalet imamları her eyaletin bir il olduğu varsayımı ile il imamı gibi örgüt içerisinde hareket ettikleri, eyalet sisteminin bulunmadığı illerde ise il imamı bulunduğu, eyaletlerin kendi içlerinde büyük bölge ve ilçelere ayrıldıkları, büyük bölge ve ilçelerin kendi içlerinde aşağıda gösterildiği şekilde yine bölgeler ve ünitelere ayrılmıştır.Bayanlar, İlçe Ablası (Hadime Abla) Bayanların da kendi içlerinde erkeklerde olduğu gibi bölge ve ünitelerinin mevcut olduğu, yapılanmanın aynısının bayanlarda da mevcut olduğu. İlçe ablalarından eğitim danışmanına, bölgecilerden genel muhasebeye ve ünitelere kadar tüm yapının bayanlar da mevcuttur.Bölgeci olarak tabir edilen imamların bir çarkın dişlisi gibi hareket ettikleri, yukarıdan aldıkları bilgileri aşağıda bulunan örgüt üyelerine aktardıkları, örgüt üyeleri ile istişareli oldukları, örgüt tabanı ile bire bir irtibatlı olduklarından dolayı konumlarının önem arz ettiği, örgüt adına yapılan tüm toplantı piknik (Örgüt üyesi olamayan öğrenci velilerini sohbet toplantıları düzenlemek, halı saha maçları, yemek, çiğ köfte ve maklube etkinliklerini üstelerini bilgi vererek) organize ederek örgüte maddi olarak finans ve elaman kazandırmak için çalıştıkları, ilçe veya kurum imamlarına bağlı oldukları anlaşılmıştır.'
